Rozpoczynając wojnę z Francją, Austria jednocześnie podjęła działania zbrojne przeciwko Księstwu Warszawskiemu. 14 kwietnia arcyksiążę Ferdynand powiadomił księcia Józefa Poniatowskiego, że za dwanaście godzin armia austriacka przekroczy granice Księstwa. Poniatowski wezwał do Warszawy Dąbrowskiego i Zajączka, a sam rozpoczął koncentrację armii pod Raszynem. Ze strony rezydenta francuskiego pojawiły się sugestie, by skoncentrować całe wojsko w Warszawie i przygotować się do jej obrony. Poniatowski odrzucił te propozycje. Uznał, że takie posunięcie mogłoby wpłynąć demoralizująco zarówno na żołnierzy jak i na całe polskie społeczeństwo. Nie chciał już na samym początku wojny oddawać pełnej inicjatywy Austriakom. Zamiast od razu przechodzić do głębokiej defensywy, wolał poczekać na wojska arcyksięcia Ferdynanda pod Raszynem.
Bitwa rozpoczęła się 19 kwietnia. Po ataku przedniej straży generała Jana Fryderyka Mohra sytuacja oddziałów Michała Sokolnickiego stawała się krytyczna. Poniatowski postanowił osobiście poprowadzić do kontrataku załamujący się batalion. Książę, popisując się niesłychaną brawurą, z fajką w zębach, przeprowadził uderzenie, po którym Austriacy musieli się cofnąć. Przedłużyło to wstępną fazę bitwy i umożliwiło Polakom lepsze przygotowanie obrony. Wyczyn księcia podniósł ducha bojowego i morale wojska, co miało niebagatelne znaczenie, zważywszy na dwukrotną przewagę liczebną Austriaków. Po zebraniu sił wojska arcyksięcia Ferdynanda rozpoczęły zmasowany atak na Raszyn Kilkugodzinne natarcie nie przyniosło rezultatu. Polacy utrzymali główne pozycje, Wieczorem walka wygasła. Bitwa była nierozstrzygnięta. Przed północą wojska Księstwa zaczęły wycofywać się do Warszawy. O trzeciej nad ranem Poniatowski zwołał radę wojenną. Uczestnicy rady zdawali sobie sprawę z przewagi przeciwnika. Ustalono, że należy podjąć negocjacje. 20 kwietnia o godzinie 16 doszło do spotkania księcia Józefa i arcyksięcia Ferdynanda. Już następnego dnia podpisano konwencję w sprawie stolicy. Poniatowskiemu udało się wynegocjować bardzo korzystne warunki. Konwencja przewidywała ewakuację polskiego wojska z Warszawy w ciągu 48 godzin, a cywilów w ciągu 5 dni. Ranni żołnierze mogli spokojnie kurować się w warszawskich szpitalach, a po wyzdrowieniu dołączyć do swoich jednostek. W zamian za to Poniatowski zobowiązał się oddać stolicę bez dalszej walki. Austriacy po wejściu do Warszawy mieli "respektować bezpieczeństwo osób i własności a także nie nakładać na miasto kontrybucji wojennej". Poniatowskiemu udało się wynegocjować jeszcze jeden, niezwykle ważny punkt: Praga pozostawała w rękach wojsk polskich. Było to o tyle istotne, że praskie fortyfikacje blokowały i znacznie utrudniały działania armii arcyksięcia Ferdynanda.
Decyzję o poddaniu Warszawy przyjęto w społeczeństwie polskim z goryczą. Niektórzy oskarżali nawet Poniatowskiego o zdradę. "Stryj sprzedał Polskę Moskalom, ten ją teraz Austriakom sprzedaje!" Jak się później okazało rację miał jednak Jan Pelletier, który podtrzymywał księcia Józefa na duchu przekonując go, że "zajęcie Warszawy stanie się źródłem niepowodzeń Austriaków".
Po ewakuacji Warszawy wojska Poniatowskiego podjęły ostrożne działania na północy Mazowsza. Ostrożność księcia była uzasadniona obawą przed rosyjską interwencją po stronie Austrii. Polacy czekali na rozwój wydarzeń i obserwowali poczynania nieprzyjacielskich wojsk. Tymczasem arcyksiążę Ferdynand wyznaczył na załogę Warszawy aż 10 tysięcy żołnierzy (niewiele więcej liczyły wojska Księstwa!), a do operacji na prawym brzegu Wisły -jedynie 6 tysięcy. 26 i 27 kwietnia oddziały polskie rozbiły znacznie silniejszego przeciwnika pod Radzyminem i Grochowem. Zwycięstwa te zahamowały aktywność Austriaków na wschodzie, a zwycięski atak generała Sokolnickiego pod Górą Kalwarią (z 2 na 3 maja) zupełnie zepchnął wojska austriackie na lewy brzeg Wisły. W ten sposób została oczyszczona droga na południe. Poniatowski postanowił zebrać wszystkie siły i ruszyć na Galicję. Do podjęcia tej decyzji skłoniła księcia wiadomość, że pod wpływem nacisków ze strony Francji Rosja zamierza wypowiedzieć wojnę Austrii (nastąpiło to 8 maja).
7 maja wojska polskie pod dowództwem księcia Józefa Poniatowskiego rozpoczęły marsz na południe. Akcja wyzwalania Galicji przez wojska Księstwa Warszawskiego spotkała się w zaborze austriackim z olbrzymim entuzjazmem. Polacy pod panowaniem Habsburga mieli już dosyć makabrycznego obciążenia podatkowego, ciągłego poboru rekruta i panoszenia się austriackiej administracji. Polscy patrioci z Galicji służyli Poniatowskiemu radą, pomocą, często porzucali wszystko i zaciągali się do wojska. Nieśmiały początkowo marsz zamienił się w niezwykle skuteczną ofensywę. Polacy zajmowali coraz większe obszary Galicji. 14 maja książę Józef wkroczył do Lublina, 19 maja został zdobyty Sandomierz, 20 maja - Zamość, 27 maja awangarda wojsk Księstwa dotarła do Lwowa. Przed wybuchem wojny Austriacy nie dopuszczali myśli, że teatr wojny z Księstwem może przenieść się na ich terytorium. Dlatego też pozostawili w Galicji jedynie 10 tysięcy żołnierzy, głównie młodych rekrutów, którzy nie stanowili większego problemu dla armii Poniatowskiego.
Po opanowaniu znacznych obszarów Galicji, książę zabrał się do organizowania administracji na wyzwolonych ziemiach. Zaczął powoływać Komisje Obywatelskie mające za zadanie zabezpieczenie potrzeb logistycznych wojska. Obok powstających polskich organów władzy - z intendentem generalnym na czele - pozostawił książę administrację austriacką nadzorowaną przez Polaków. Chciał w ten sposób uchronić Galicję od chaosu i zamieszania. Jako podstawę galicyjskich sił zbrojnych zaczął organizować oddziały gwardii narodowej. 20 maja, po zdobyciu Zamościa, Poniatowski wydał rozkaz utworzenia regularnych sił zbrojnych w Galicji.
Przez cały ten okres książę Józef musiał powstrzymywać zapał miejscowych patriotów, którzy chcieli od razu organizować pospolite ruszenie i ogólnogalicyjskie powstanie. Książę podchodził z dużym dystansem do tego typu żywiołowych akcji: "Buduje się z zapału, lecz mamy skuteczniejszą broń niż kosy i piki, bo mamy Napoleona i jego potęgę za sobą, a on nie lubi tego rodzaju powstania... Zbrójmy się regularnie, skwapliwie, ale bez gwałtownych wzruszeń".
Na przełomie maja i czerwca polskie wojska wyzwoliły znaczne obszary Galicji Wschodniej. Wtedy właśnie przyszedł rozkaz Napoleona, aby w jego imieniu zajmować Galicję. Dotychczasowe działania Poniatowskiego w zakresie tworzenia administracji na opanowanych terenach nie wynikały z żadnej instrukcji i były niejako samowolne. Rozkaz Napoleona uprawomocnił je i skłonił księcia do bardziej intensywnej pracy organizacyjnej na wyzwalanych ziemiach.
Pod koniec maja arcyksiążę Ferdynand zdał sobie sprawę, że nie uda mu się ani opanować Księstwa Warszawskiego, ani utrzymać dłużej stolicy. Postanowił wycofać się z Księstwa, połączyć z wojskami arcyksięcia Karola, a po drodze rozbić w Galicji armię Poniatowskiego. Książę Józef miał do wyboru dwie możliwości: albo zrezygnować z wyzwalania Galicji Wschodniej, zebrać całe wojsko jakim dysponował i uderzyć na Austriaków; albo unikać walki z armią arcyksięcia Ferdynanda i skoncentrować się na opanowaniu jak największych terenów Galicji Wschodniej. Książę wybrał drugą możliwość. Przewidywał szybkie zwycięstwo Napoleona i zakończenie wojny. W takiej sytuacji korzystniejsze - z punktu widzenia interesów Księstwa Warszawskiego - byłoby wyzwolenie jak największych obszarów Galicji niż rozbicie armii austriackiej.
Decyzja Poniatowskiego okazała się słuszna z innego powodu (z którego książę początkowo prawdopodobnie nie zdawał sobie sprawy). 18 maja car wysłał do Galicji korpus wojsk rosyjskich pod dowództwem Aleksandra Golicyna. Cele Rosjan były zupełnie inne niż mogłoby to wynikać z francusko-rosyjskiego sojuszu. Korpus Golicyna miał za zadanie raczej obronę Austrii niż walkę z nią. Rosjanie zajmowali tereny, które mogły być opanowane przez wojska Poniatowskiego. Chcieli w ten sposób oszczędzić państwo Habsburgów i zapobiec poszerzeniu terytorium Księstwa Warszawskiego. Planowano nawet powołanie w imieniu cara rządu tymczasowego w Galicji. W odpowiedzi, 2 czerwca, Poniatowski powołał siedmioosobowy Rząd Wojskowy Tymczasowy Centralny pod protekcją Najjaśniejszego Cesarza i Króla Napoleona Wielkiego, ze Stanisławom Zamoyskim na czele.
Sukcesy wycofującego się do Galicji arcyksięcia Ferdynanda skłoniły w końcu Poniatowskiego do wydania mu bitwy. Licząc na obiecaną przez Golicyna pomoc, skoncentrował swoje wojska nad Sanem. Nie zdawał sobie sprawy z tego, że wcześniej Rosjanie uzgodnili z dowództwem austriackim szczegóły całej akcji, i nie zamierzali pomagać Polakom. W konsekwencji, 12 czerwca, wojska księcia Józefa doznały porażki i musiały się wycofać. 19 czerwca Austriacy zdobyli Sandomierz. Pomimo tego sukcesu sytuacja arcyksięcia Ferdynanda nie była dobra. Ponaglany przez arcyksięcia Karola zdecydował się w końcu na pełny odwrót i połączenie z głównymi siłami Habsburgów. Wykorzystał to Poniatowski. Skoncentrował wszystkie siły na lewym brzegu Wisły - już 19 czerwca połączył się z Zajączkiem, a 3-4 lipca z korpusami Sokolnickiego i Dąbrowskiego - i utrudniał odwrót wojskom austriackim. Jednocześnie, zgodnie z rozkazem Napoleona, zbliżał się w kierunku Czech i Moraw.
Ostatnim sukcesem Polaków w tej wojnie było zdobycie Krakowa. 14 lipca uzgodniono z Austriakami krótkie zawieszenie broni. W tym czasie miała nastąpić bezpieczna ewakuacja habsburskich wojsk i magazynów z miasta. W zamian za to Austriacy obiecali oddać Kraków bez walki. Nie zamierzali jednak wywiązać się z umowy. Postanowili oddać dawną siedzibę królów polskich Rosjanom. Jedynie energiczna akcja Poniatowskiego zapobiegła utracie miasta. Książę sforsował rosyjskie oddziały wchodzące do Krakowa, obsadził strategiczne punkty w mieście swoimi wojskami, mianował polskiego gubernatora i odebrał od rady miejskiej przysięgę na wierność Napoleonowi. Tego samego dnia (14 lipca) do Krakowa dotarła wiadomość o zawarciu rozejmu między Francją a Austrią (11 lipca) oraz rozkaz Napoleona wzywający do przerwania działań zbrojnych. W tej sytuacji Austriacy zażądali przekazania im Krakowa, który został zajęty przez Poniatowskiego już po podpisaniu zawieszenia broni. Książę nie ugiął się pod presją i czekał na instrukcje Napoleona. Bonaparte stanął na stanowisku, że wiążący jest moment dotarcia rozkazów o zawieszeniu broni. Kraków pozostał w rękach Polaków.
Kilkumiesięczne rokowania zakończyły się 14 października 1809 r. podpisaniem pokoju w Schönbrun.Wojna z Francją kosztowała Habsburgów utratę trzeciej części ziem (100 tysięcy kilometrów kwadratowych) oraz 3,5 miliona poddanych, utratę dostępu do morza, ograniczenie armii do 150 tysięcy żołnierzy oraz 85 milionów franków reparacji. Na rzecz Francji Austria straciła Krainę z Triestem, część Karyntii, resztę Istrii i tzw. Chorwację morską. Napoleon połączył te nabytki ze zdobyczami z Preszburga i utworzył Prowincje Iliryjskie. Bawarii przypadły w udziale Inn i Salzburg. Rosja za swoją dwuznaczną postawę otrzymała w nagrodę obwód tarnopolski. Obszar Księstwa Warszawskiego został powiększony o 50 procent (ponad 50 tysięcy kilometrów kwadratowych). Nabytki Księstwa objęły prawie wszystkie ziemie, które znajdowały się w rękach wojsk polskich w chwili zawieszenia broni: trzeci zabór austriacki wraz z Krakowem a także powiat zamojski i skrawki krakowskiego (pierwszy zabór). Była to trzecia część całego obszaru Galicji z niemal trzecią częścią jej ludności.

Źródło: D. Marzęta, Epoka napoleońska